Redan på stenåldern var Stockholmstrakterna bebodda. Fynd från 6000 år f.Kr. visar på tidig mänsklig aktivitet i området och många fynd från bronsåldern och järnåldern har även gjorts här. Med landhöjningen blev Stockholms många mindre öar beboeliga på 900-talet och de togs i anspråk för permanenta bosättningar med fiskeläge.
1520 var sista gången som en främmande arme intog staden. Det var den danske kungen Kristian II som utropade sig till kung över Sverige vilket han kunde regera över i tre år. Gustav Vasa tog då makten och etablerade sedan successivt den svenska staten med centrum i Stockholm.
Stockholms slott, Tre kronor, började som en borg och utvecklades med tiden till ett slott och det kungliga residenset. Det tros ha uppförts under 1200-talet och totalförstördes i en brand 1697. Nuvarande Stockholms slott uppfördes därefter på samma plats och stod färdigt först under 1770-talet, men började användas 1754.
Fattigdom, svält, trångboddhet är några orsaker till att sjukdomar härjade i staden. Detta ledde till att 1850 hade Stockholm 93 000 invånare som drastiskt ökade under en period på 35 år, till 216 00 invånare. Industrialiseringen var en stor orsak till detta och på senare delen av 1800-talet byggdes staden snabbt ut för att ge utrymme till alla människor. Sedan dess har staden bland annat stått värd för de Olympiska spelen 1912 och blivit bombat år 1944, av ett sovjetiskt bombflyg.